公元十世纪至十七世纪后半叶的西域历史
公元九世纪后半叶，有三个王国鼎力西域：西州回鹘、喀喇汗王朝和于阗王国。西州回鹘以高昌为统治中心，与中原王朝关系密切。曾向辽国、后周、北宋进贡，并将自己与宋朝的关系比拟为甥舅关系；由尉迟氏建立的于阗王国历史悠久，历经汉魏至隋唐，北宋前期是极负盛名的佛国。至十一世纪初，因喀喇汗王朝东进征服于阗，于阗国开始信奉伊斯兰教，并成为喀喇汗王朝的属国。但有趣的是，于阗王国也与宋朝皇帝以甥舅相称；喀喇汗王朝是回鹘西迁中亚后联合当地部族建立的政权，其首领自称“桃花石汗”，意为“中国的汗”。喀喇汗王朝信奉伊斯兰教，十世纪中期以后，王朝开始东征于阗、北上西州，经过二十多年的的持久战，于阗臣服，而在北方却遭到了西州回鹘的坚决抵抗。
公元十二世纪前期，西辽以迅猛之势成为了中亚最强大的国家。西州回鹘和喀喇汗王朝也相继成为其属国。然而这个极具传奇色彩的王国存续时间不到百年，至十三世纪初，即被“一代天骄”成吉思汗的军队攻灭。
蒙古军将统一的西域作为他们西征的保障，在第一次西征成功，兼并中亚和南俄草原之后，1223年，成吉思汗分封四子。除高昌回鹘因最先归附蒙古，得到成吉思汗的特别优待，保有自己的疆土以外，西域的大部分地方分属于察合台与窝阔台。然而此后的百年之中，西域并不太平：完成第二次和第三次西征的蒙古帝国，通过在西域设置尚书省和令史官职等一系列措施，直接统辖西域；察合台和窝阔台的后裔之间不仅相互争夺在西域的封地，而且与蒙元政权对立。至十四世纪前期，西域仍然没有逃脱混乱割据的状态。
十四世纪下半叶，中原地区爆发农民起义，王朝更替。西域战火重燃，群雄并起，出现多个政权并存的局面。其中主要的几国均为成吉思汗的后裔：东察合台汗国、吐鲁番王国、叶尔羌王国是察合台汗的后裔，哈密王国、瓦剌汗国的统治者也是蒙古贵族。其中，东察合台汗国是明朝前期西域最大的王国。
东察合台汗国第十三任汗满速儿即位后，其三弟推翻了杜格拉部在天山南路的统治，于1514年在叶尔羌称汗，建立了叶尔羌汗国。三十年后，叶尔羌汗国乘东察合台汗战死之机，占领西域东部地区。达到鼎盛时期的叶尔羌汗国管辖着西域的实际版图。
十六世纪末十七世纪初，叶尔羌汗国由于外部威胁和内部争权夺利的斗争，开始割据纷争。在争权夺利的厮杀中，各方力量都努力争取外援，于是，柯尔克孜、哈萨克、瓦剌、和卓的势力都卷入了斗争。至1678年，准噶尔贵族噶尔丹派1.2万骑兵进入天山以南，直逼叶尔羌，俘获汗国末代可汗，叶尔羌汗国灭亡，其疆域成为了准噶尔的属地。