1、科属不同：花椒为芸香科灌木或小乔木植物青椒的干燥成熟果皮，一般在立秋前后成熟。胡椒为胡椒科植物胡椒的干燥近成熟或成熟果实。
2、功能不同：花椒是中国特有的香料，位列调料“十三香”之首。分为大椒和步椒两种，为良好的调味佐料，也可榨油，在烹调上既能单独使用，如花椒面；也能与其他原料配制成调味品，用途极广，效果甚好，如五香面、花椒盐、葱椒盐等。胡椒既是一种很好的调味品，又是一种珍贵的药材。胡椒粉可药、食两用，胡椒有温胃散寒之功能。
3、味道不同：胡椒的味道是鲜辣；花椒的味道是麻香。