GEO数据库z怎么输入数据集
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发布时间：2022-04-26 02:12
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时间：2022-04-11 21:22
可以在数据库里进行输入。
GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的大多数高通量基因表达数据，GEO除了二代测序数据，还包含芯片测序、单细胞测序数据。
GEO数据库数据类型：
GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之前要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型：GSE数据编号(Series)、GPL数据编号(GEO platforms)、GSM数据编号(Samples)、GDS数据编号(Datasets)
一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集，一个GSE里面可以有一个或者多个GSM(Samples)样本，而每个数据集都有着自己对应的芯片平台，就是GPL(GEO platforms)。GSE编号一般为作者提交时生成的原始数据编号，后续NCBI中的工作人员会根据研究目的、样品类型等信息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也是正常。
